Die Kykladen entstanden ca. 1,5 Millionen Jahre v. Chr. durch vulkanische Tätigkeit. Ca. 10.000 v.Chr. bildete sich eine runde Insel, die wegen Ihrer Form Strongyle (die Runde) genannt wurde. Später erhielt sie den Namen Kaliste, die Schöne. Die Insel Santorin wurde zum ersten Mal nachweislich ca. 3000 v. Chr. von Menschen besiedelt. Trotz des nahen minoischen Einflusses von Kreta entwickelte sich hier eine eigenständige "theräische" Kultur, die bereits einen sehr hohen Entwicklungsstandard aufwies. Das können Sie noch heute in der ausgegrabenen Siedlung von Akrotiri bestaunen.

Der Ausbruch des Thera - Vulkans um 1600 v. Chr. sprengte eine riesige Caldera (Kratersee) in der Inselmitte frei und war wohl der Gewaltigste in der Erdgeschichte. Stehen blieben die 3 Inseln: Thera (Hauptinsel), Thirassia und Aspronissi rings um die Caldera. Unter der ca. 60 cm dicken Bimssteinschicht wurden die Siedlungen begraben. Die Einwohner waren durch zahlreiche Erderschütterungen vorgewarnt und konnten die Insel verlassen. Danach blieb Santorin lange Zeit unbewohnt. Ca. 900 v. Chr. besiedelten die Dorer die Insel unter Führung von Theras. Das Antike Thera wurde Inselhauptstadt und Inselname. 146 v. Chr. herrschten die Römer. 1204 fiel Santorin an die Venezianer und wurde fortan nach der Schutzheiligen Santa Irini in Santorini umbenannt. Anschließend war die Insel in türkischer Hand, bis sie 1832 Teil des griechischen Staates wurde.

Im Verlaufe von fast 2000 Jahren tauchten aus dem Meer die zwei Lavainseln Paläa Kameni und Nea Kameni auf, durch Vulkanausbrüche auf dem Meeresboden in der Caldera hervorgerufen. Die letzte Eruption wurde 1950 registriert und seit dem schweren Erdbeben 1956 ist der Vulkan ruhig.

Doch nicht nur der Vulkan versetzte die Bevölkerung immer wieder in Schrecken, die Santoriner mussten sich oft in der Geschichte in Ihren Höhlenwohnungen vor plündernden Piraten verstecken.